اثر بخشی اتوکلاو بیمارستانی بستگی به زمان, دما و مسیر تماس بخار با مواد عفونی دارد. بنابراین برای استریل کردن کامل و موثر و همچنین جهت عملکرد صحیح اتوکلاو پیشنهاد می شود:

 

 بیشتر از سه چهارم کیسه اتوکلاو پر نشود.

  مواد نوک تیز نباید در داخل کیسه اتوکلاو بیمارستانی قرار داده شوند بلکه باید در ظروف مخصوص زباله های نوک تیز جمع آوری شده و به عنوان زباله های تیز و برنده دفع گردد.

 کیسه ها, مواد و وسایل مورد نظر جهت استریل شدن در اتوکلاو باید به صورت شل(Loose) و آزاد بسته بندی شوند تا جریان بخار آب بتواند آزادانه در آن جریان داشته باشد.

 اقلام طوری قرار داده شوند که بخار به تمامی نقاط آنها برسد.

 ظروف شیشه ای باید روی کناره خود قرار داده شوند تا هوا بتواند جای خود را با بخار عوض کند.

بخار نمی تواند در چربی ها نفوذ کند بدین ترتیب وسایل آلوده به چربی باید از طرق دیگری استریل شوند.

ظروف حاوی مایع را نباید پر کرد بلکه باید یک دوم تا یک سوم اتوکلاو بیمارستانی خالی باشد این کار مانع از خارج شدن مایع از ظرف هنگام جوش آمدن می شود.