اتوکلاو بیمارستانی استرل سازی به‌طور گسترده‌ای در میکروبیولوژی، پزشکی، خالکوبی، سوراخ‌کاری بدن، داروهای دامپزشکی، قارچ‌شناسی، عمل جراحی، دندانپزشکی و ساخت پروتز استفاده می‌شوند. آنها بسته به اندازه چیزی که استریل می‌کنند در اندازه و عملکرد متفاوت هستند و گاهی اوقات در صنایع شیمیایی و مواد غذایی نیز نامیده می‌شوند.

بارهای معمول شامل ظروف آزمایشگاهی، تجهیزات و زباله، ابزار جراحی و زباله‌های پزشکی است. کاربرد جدید فزاینده ای از اتوکلاوها، عملیات پیش-دفع و استریلیزاسیون مواد زائد مانند اتوکلاو بیمارستانی است. این دسته از اتوکلاوها عمدتاً تحت همان اصول اتوکلاوهای معمولی عمل می‌کنند که قادر به خنثی کردن عوامل بالقوّه عفونی با استفاده از بخار آب در فشار بیش از حد است. نسل جدیدی از مبدل‌ها موجود است که می‌توانند اتوکلاو بیمارستانی ضایعاتی مانند رسانه‌های کشت، مواد لاستیکی، لباس، پانسمان، دستکش و غیره را بدون داشتن مخزن فشار استریل کنند. این امر به ویژه در مورد موادّی که نمی‌توانند دمای بالای یک اجاق گاز را تحمّل کنند بسیار حائز اهمّیّت است.